Dalam rangka meningkatkan kinerja, transparansi, dan akuntabilitas pengelolaan keuangan, telah diterbitkan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 60 Tahun 2008 Tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah. Sistem Pengendalian Intern ini kemudian diintegrasikan dalam pembangunan Zona Integritas untuk mewujudkan Wilayah Bebas Korupsi dan Wilayah Birokrasi Bersih dan Melayani; Mahkamah Agung menerapkannya dengan Keputusan Ketua Mahkamah Agung Republik Indonesia Nomor 151A/KMA/SK/IX/2011 Tentang Penyelenggaraan Sistem Pengendalian Intern di Lingkungan Mahkamah Agung Republik Indonesia;
Pengendalian atas penyelenggaraan kegiatan di lingkungan Pengadilan Negeri Pulau Punjung dimaksudkan untuk mencapai pengelolaan keuangan negara yang efektif, efisien, transparan, dan akuntabel dengan berpedoman pada Sistem Pengendalian Intern. Sistem Pengendalian Intern bertujuan untuk memberikan keyakinan yang memadai bagi tercapainya efektivitas dan efisiensi pencapaian tujuan penyelenggaraan peradilan, keandalan pelaporan keuangan, pengamanan aset negara, dan ketaatan terhadap peraturan perundang-undangan.
